Первое сведение о городе-крепости Шуши сообщает арабский географ Якут ал-Амави (1178-1229 гг.). Ссылаясь на знаменитого арабского историогрсфа Ибн ал-Асири (1160-1230 гг.), в своем “Геофрафическом словаре” пишет: “Каркар – город в Арране, близ Байлакана, построенный Ануширваном”. Байлакан являлся одним из древних городов Аррана (северо-восточная часть Армении), находится в провинции Арцаха – Муханк. О Байлакане упоминает также греческий географ Страбон. Известно, что персидский царь Ануширван (VI в.), чьи владения охватывали и восточную половину Армении (впоследствии деления с Византией), с целью укрепления севера империи, перестроил несколько крепостей. Ему присваивается и укрепление Дербента, установление железных ворот. Что касается Каркара, Шуши, под выражением “построенный”, географ подразумевал укрепление крепостных стен и башен. Всеизвестно, что персидский реформатор Ануширван являлся собирательным образом, которому обычно приписывали много деяний, которые он не совершил. Свидетельства знаменитых арабских авторов лишь подтверждают, что именно VI в. была перестроена город-крепость Каркар (армянское слово, что обозначает “камень на камень”, или “крепость на камне”). Сохранение после перестройки армянского названия крепости также доказывает, что и до времен Ануширвана крепость Каркар был и здравсвовал , защищая Северо-восточные границы Армении. А река Каркар свое имя получил от знаменитой крепости и свято хранил до наших дней. Крепость, часто оказываясь в гуще исторических событий, как и область, несколько раз менял имени: Каркар-Шикакар-Караглух-Шуши..., как бы стараясь приспособиться к различным ситуациям. Следующее сведение о крепости сообщает известный историограф Северо-восточных областей Армении Мовсес Каланкатваци, описывая битву 821 года в крепости Шикакар (рыжий камень) между арабами и войском арцахского князя из рода Багратидов Сагл Смбатян.

Армянский историограф ХIII в. Киракос Гандзакеци в своей “Истории Армении” описывая длительную поездку Великого князья Арцаха Асан Джалаляна в 1256 г. в столицу монгольской империи Кара-Корум, к Мангухану, сообщает, что князь просил обратно свои крепости Джраберд, Аканаберд и Каркар.

Следующую достоверную информацию о крепости в 1428 г. в своей памятной запици Евангелия, переписанный в церкви Цурб Аствацацин, нам оставил переписчик Тер-Мануел, впервые упоминая о названии Шуши. Шушинское Евангелие хранится в Ереванскам книгохранилище древних рукописей имени Маштоца. Спустя 150 лет, в 1575 году, в Шуше был создан еще одно Евангелие, о чем упоминается в памятной записи рукописной книги. Это доказывает, что культурная жизнь в Каркар-Шуше, даже в тяжелые годы в стране, не прекращался.

В первой четверти ХVIII в. армянский военачальник Аван, укрепляя крепостные стены Шуши, создает очень сильный укрепрайон-сгнах. В те времена в Арцах-Карабахе было образовано военизированное государство-с целью самообороны от нашествий войск Османской империи. Впоследствии в Карабахе, во времена Надир шаха, было образовано полунезависимое государство армянских князей-меликов – Хамса. В 1752 г. в Шуше утверждается некий перс Фанах Али, главарь разбойничей группы переследуемый Надир-шахоле, впоследствии получивший от последующего иранского правителья статус хана.

В начале ХIХ в. в Шуше устанавливается русская власть. С высокогорного плато шушинские купцы организуют и руководят всеобъемлющую торговлю между странами Востока и Запада, Юга и Севера.

Вскоре Шуши становится одним уз крупных городов Кавказа, значительным культурным центром армян.

В 1920 г. арнянская часть крепости Шуши подвергся поджогу и резни со стороны азербайджанских властей. Армянская часть с 35-тысячным населением была полностью уничтожена.

Церковь Сурб Аствацацин (св. Богородицы) в 1840 г. была переименована в греко-русский церковь св. Георгия и была полностью уничтожена бакинскими властями в 1954 г.

В начале Карабах-Азербайджанского конфликта в 1990 г. крепость Шуши была превращена в огневую точку, откуда и Степанакерт была подвергнута непрерывным бомбежкам.

9 мая 1992 г. крепость была освобождена оборонительной армией Арцах-Карабаха.